Holger Philipsen studierte bei Prof. Ulrich Lau und Prof. Martin Dobner. Danach folgte ein einjähriges Praktikum im SWR Sinfonieorchester Baden-Baden/Freiburg. Von 2002 bis 2007 war Holger Philipsen Mitglied des Rundfunk-Sinfonieorchesters Saarbrücken.
Seit 2007 ist er Mitglied der Deutschen Radio Philharmonie.